Bodrum Kalesi ilk çağda Zephyra ismi ile bilinen bir ada olup M.S. I.yy.' da kara ile birleşen yarımada üzerine St. Jean Şövalyeleri tarafından 1261–1269 yılları arasında Menteşe Beyliğine bağlı Denizciler tarafından inşa edilen bir Türk Kalesi üzerine yapılmıştır. 1403 yılında yapılan Ankara Savaşından sonra St. Jean Şövalyeleri Mehmet ÇELEBİ' den İzmir' de yıkılan kalelerine karşılık yeni bir kale yapmak üzere yer istemişlerdir. Mehmet Çelebi de Bodrum’da kale yapma iznini St. Jean Şövalyelerine vermiştir. Avrupa’nın en önemli devletleri 500 yıl önce Saint Jean Şövalyeleri örgütü adı altında, kaleyi 1406 yılında inşaa etmeye başlamışlardır. İnşaat 1522 yılı sonuna kadar aralıklarla sürdürülmüştür. Fransız, İngiliz, Alman, İtalyan ve İspanyol kuleleri bulunmaktadır. 

05 Ocak 1923'de Kanuni Sultan Süleyman'ın Rodos seferi sonrasında Bodrum Kalesi Osmanlıların eline geçmiştir. II. Abdülhamit zamanında 1895' yılında hapishane olarak kullanılmaya başlanmıştır. 26 Mayıs 1915 yılında, İngiliz ve Fransız zırhlılarının bombardımanından sonra terk edilmiştir. 1963 yılında Müze Müdürlüğü olmuş, 06 Kasım 1964’de de ilk sergi salonu açılmıştır. 

Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi Türkiye’nin tek, Dünyanın önemli Sualtı Arkeoloji Müzelerinden biridir.

Bodrum Kalesi kareye yakın planlıdır. 180x185m ölçülerindedir. En yüksek yeri deniz seviyesinden 47,5 m yükseklikte Fransız kulesidir. Kaleye Kuzeybatı köşesindeki ilk kapıdan geçilerek girilir. İç kaleye kadar 7 kapı vardır. Kalenin Kuzey ve batı yüzü çift duvarlıdır. Kuzey ve batı hendekleri Şövalyeler döneminde asma köprü ile aşılmaktaydı. Kalenin batı tarafındaki kalın duvarlı çatısı eğimli büyük yapı top koruganıdır. Bodrum Kalesinin tüm kuleleri ve çeşitli mekânları sergi salonlarına dönüştürülmüştür. 

AMPHORA SERGİLEMESİ

Müzedeki en büyük eser topluluğu amphoralardır. Dünyanın en büyük Doğu Akdeniz amphora koleksiyonu Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi’nde bulunmaktadır. Sergileme, aşağı avluda bir sundurma altında gerçekleştirilmiştir. Amphora, Yunanca amphi (iki taraflı) ve phoros (taşınabilir) sözcüklerinden oluşmaktadır. İki kulplu ve taşınabilir olan dibi sivri bu testiler, antik devir ticaretinde şarap, zeytinyağı ve kuru gıda maddelerinin taşımasında ve depolanmasında kullanılmıştır. 

Sergileme, M.Ö. XIV. yüzyıldan başlayarak günümüz testilerine kadar kronolojik bir sıra ile sergilenmektedir. Sakız amphoralarının dipleri düğme tutamaklı olup, boyunlarında adanın sembolü olan sfenks motifli mühür bulunmaktadır. Antik çağda Sakız şarabı ünlüdür. Knidos amphoraları, M.Ö. III. Yüzyıl aittir. Kozalak tutamaklıdırlar. Bu amphoralar sivri diplerinin verdiği olanakla antik çağda üst üste istiflenerek taşınmışlar ve aynı biçimde sergilenmişlerdir. İstanköy amphoraları, ikiz kulplarıyla tanınırlar. Kulplarında yengeç mührü bulunmaktadır.

Roma amphoraları kalın geniş ağızlı, uzun boyunlu, ince gövdeli ve silindir tutamaklıdırlar. Kartaca amphoraları, silindir gövdelidirler.

Bizans amphoraları, yuvarlak gövdelidir. Sergileme, günümüz Geyre yapımı testi ile sona ermektedir.

Amphora sergilemesi, antik çağ ticaret merkezlerini gösteren harita, liman yaşamı, şarap ve zeytinyağının nasıl yapıldığını anlatan resimlerle desteklenmiştir. 

HAMAM

Güney duvarına bitişik Türk Hamamı 1895 yılında hapishane döneminde yapılmıştır. Yıkanmamakla övünen şövalyelerin temizlik anlayışına karşın, Osmanlıların mahkûmlara sunduğu hizmeti göstermektedir. Hamam; giriş, soğukluk (soyunma), sıcaklık (yıkanma) ve külhandan oluşmuştur. Ülkemizde ilk defa hamam malzemesi kendi mekânında sergilenmiştir. 

ŞAPEL VE M.S. VII: YÜZYIL DOĞU ROMA GEMİSİ

Şapel, şövalyeler tarafından 402–1437 yıllarında gotik tarzda, tek nefli olarak inşaa edilmiştir. 1519–1520 yılları arasında İspanyol Şövalyeleri tarafından onarılmıştır. 

Kalenin Osmanlılar tarafından alınmasından sonra şövalyelerin şapeli, minare eklenerek camiye çevrilmiştir.

Şapelde, Bodrum- Turgutreis-Yassıada’da batan M.S. VII. yy. Doğu Roma Gemisi sergilenmektedir. Geminin kıç bölümü 1/1 ölçeğinde yapılmıştır. Baş bölümü ise su altındaki şekliyle gösterilmiştir. Geminin ana yükü 900 kadar amphora içinde taşınan şaraptır. Gemide bulunan en önemli eser, tunç kantardır. Üzerinde geminin kaptanının adı ve unvanı bulunmaktadır. Kantar topuzu akıl ve adaletin simgesi Tanrıça Athena büstü şeklindedir. 

CAM SALONU

Cam Salonu, dikdörtgen planlı, kesik tonozlu bir yapıdır. Bu salonda, M.Ö. XIV. yüzyıl ile M.S. XI. yüzyıl arasına tarihlenen çeşitli cam eserler sergilenmektedir. Sağdaki ilk vitrinde M.Ö. XIV. yüzyıla ait Miken cam boncuk dizisi ile Kaş Uluburun Batığı'ndan çıkarılan aynı devre ait cam külçeler yer almaktadır. Diğer vitrinlerde Stratonikeia ve Kaunos gibi antik şehir kazılarında elde edilen cam buluntular görülür. Salonun büyük bir bölümü ise, M.S. XI. yüzyıla tarihlendirilen Serçe Limanı Batığı'nın cam koleksiyonunu oluşturmaktadır. 

Su altında arkeoloji kazılarının nasıl yapıldığını göstermek amacıyla, bu salondaki nişlerden birinin içerisine bir akvaryum yerleştirilmiştir. Burada su içinde M.S. IV. yüzyıl Erken Bizans Batığı Sualtı Kazısı 1/20 ölçeğinde küçültülerek gösterilmiştir.

CAM BATIĞI

Burada Marmaris'in 24 mil kadar batısında, Bozukkale (Loryma antik kenti) yakınlarındaki Serçe Limanı içinde bulunan ve Cam Batığı diye adlandırılan gemiye ait buluntular sergilenmektedir. Kıyıya yakın bir yerde, 32 metre derinlikte kum bir zeminde, iskele üzerine yatmış durumda olan batık gemi, Prof. Dr. George F. Bass başkanlığında Türk ve Amerikalılardan oluşan bir ekip tarafından 1977–1979 yılları arasında kazılmıştır. Geminin %25'i tamamen çıkarılmıştır. Sancak kısmı tahrip olan gemi, yaklaşık 16 metre uzunluğunda 5 metre eninde ve 35 ton yükü taşıyabilecek kapasitededir. 

Antik çağlarda gemiler, önce kaplama tahtaları çakılarak yapılıyordu. Bu gemi, antik gemi yapımı ile modern gemi yapımı yöntemi (kaburga sistemi) arasındaki geçiş döneminin en eski örneklerindendir. Serçe Limanı Batığı, günümüzde Bodrum tersanelerinde uygulanan tekniğe yakın olarak inşa edilmiştir. Bu sistemde önce ana omurga üzerine eğriler konularak teknenin iskeleti meydana getirilmekte, sonra da kaplama tahtaları ile kaplanmaktadır. Geminin omurgası karaağaç, kaburga ve kaplama tahtaları çamdır. Geminin yapımında ahşap ve bakır çivi kullanılmıştır. İki direkli olduğu ve üçgen Latin yelken kullanıldığı sanılmaktadır.

Su altında bozulmadan dolayı oldukça yumuşak durumdaki ahşaplar, önce tatlı su havuzlarında iki yıl süre ile suyu sürekli değiştirilerek tuzundan arındırılmıştır. Daha sonra "P.E.G." polietilen glikol 1400 "sentetik mum" ile konservasyonu yapılmıştır.

XI. yüzyılın ilk yarısına tarihlendirilen geminin ana yükünü oluşturan camlar en az 200 değişik form göstermektedir. Sağlam cam kapların yanı sıra iki tona yakın kırık cam külçeler de bulunmuştur. Bu gemiden çıkarılan amphoraların üzerlerine Yunanca bir ismin ve harflerin kazıldığı görülmektedir. Amphoraların içinde mercimek ve üzüm çekirdekleri bulunmuştur.

Serçe Limanı, cam batığı teknesi ve yükü T.C. Kültür Bakanlığı tarafından özel olarak yaptırılan salonda sergilenmektedir. Salonun birinci bölümünde, sualtı kazısı ile ilgili fotoğraflar, resimler ve panolar bulunmaktadır. Kazının öyküsünü anlatan bir video filmi de gösterilmektedir. Geminin sergilendiği büyük salon, sürekli %50 nem ve 22 derece ısıda tutulmaktadır.

YILANLI KULE (SAKLI MÜZE) 

İspanyol Kulesi, alt kat girişinin sonunda bulunan yılan kabartması nedeniyle "Yılanlı kule" olarak adlandırılmaktadır. Yılanlı Kule şövalyeler zamanında revir odası olarak kullanılmıştır. Kulenin üst katında “Doğum- Yaşam -Ölüm” anlatılmaktadır. 

Kulenin alt bölümünde Amphora-Depo sergilemesi vardır. Amphoralar toplantı salonunda oturur gibi yerleştirilmiştir. Toplantı başkanı amphoraların en yaşlısı olan Kenan Amphorasıdır.

ALMAN KULESİ

Yılanlı Kulenin doğusunda görülen yarım yuvarlak kule Alman Kulesidir. Alman kulesi, iç hendek duvarının üzerinde yer almaktadır. 1437–1440 yılları arasında yapılmıştır. Alman kulesinin kuzey cephesinde, baklava dilimi motifi meydana getirecek şekilde, dört madalyon yerleştirilmiştir. Madalyonların en üstünde Vaftizci Yahya vardır. Madalyonların ortasında küçük bir Malta haçı işlenmiştir. Alman kulesi, Ortaçağ şövalye yaşantısını yansıtacak şekilde düzenlenmiştir. 

FORSALARIN TOPLU MEZAR SERGİLEMESİ 

Alman kulesinin doğusunda “forsaların toplu mezarı” sergilenmektedir. Bodrum Kalesi'ndeki İngiliz kulesi önünde 1993 yılında yapılan kazıda, Saint Jean şövalyelerine ait 16. yüzyıl çöplüğü bulunmuştur. Bu çöplükte çok miktarda hayvan kemikleri, seramik parçaları, kil ve deniz ürününe rastlanmıştır. Çöplük içinde, toprak yüzeyinin 3,5 m. altında 13'ü toplu halde, bir tanesi de 20 metre uzaklıkta, 14 adet forsa iskeleti görülmüştür. Forsaların ayakları prangalıdır. Kazı sırasında iskeletlerin yanı sıra kemer tokaları, boncuklar, makaslar, bıçaklar ve sikkeler ortaya çıkmıştır. Gümüş sikkelerden 4 tanesi 1503–1512 yılları arasında şövalyelerin üstad-ı azamı (devlet başkanı) olan Fransız Emery d'Amboise'e aittir. Kazıda bulunan sikkelerden forsaların toplu öldürülmesi olayının Emery d'Amboise (1503–1512) döneminde yapıldığı anlaşılmaktadır. 

Bu salonda, toplu mezarın bir bölümü, bulunduğu yerden komple alınarak sergilenmiştir. Kazıya ait bilgi ve fotoğraflar da bulunmaktadır.

ZİNDAN

Kalın sur duvarlarının çevrelediği iç hendekte iki kule vardır. Bunlar, Gatineau ve Caretto kuleleridir. Caretto Kulesi, Üstad-ı azam Fabrico Del Caretto (1513–1521) adına yapılmıştır. Gatineau Kulesi ise kule komutanlarından Jacques Gatineau tarafından yaptırılmıştır (1512–1514). Gatineau kulesi top mazgalları kapatılıp, hava bacaları tıkandıktan sonra, 1513–1522 yılları arasında zindan (işkence odası) olarak kullanılmıştır. Zindana 23 basamakla inilmekte ve içeri girildiğinde, kapı önündeki balkondan işkence odası izlenmektedir. Sol ve sağ duvarlar içinde eski top mazgalları hücreye dönüştürülmüştür. Her hücre üzerinde hava bacası vardır. Sol taraftaki ilk baca, arma ile kapatılmıştır. Odanın kuzeybatı köşesinde darağacı çukuru, çukurun önünde tabutluk, yerde prangalı gülle, duvarda prangalı kelepçe ve tavanda asılı darağacı kafesi görülmektedir. Burada yer alan manken, zindancı başı ve mahkûmlar ışık oyunları ve seslerle ilgi çekmektedir.

TEKTAŞ BATIĞI

Çeşme’nin güney doğusunda Tektaş Burnu’nda 1996 yılında Sualtı Arkeoloji Enstitüsü’nün (INA) yaptığı araştırma sırasında M.Ö. V. yüzyıla ait bir batık bulunmuştur. Batığın kazısı 1999- 2001 yılları arasında Prof. Dr. George F. Bass başkanlığında bir ekip tarafından yapılmıştır. M.Ö. 440–425 yıllarına tarihlendirilmiştir. 38–43 m. derinliktedir. Akdeniz’de Klasik döneme ait kazısı yapılan tek batıktır.

Tektaş Burnu Batığı, Ionia kıyılarında bölgesel ticaret yapan bir teknedir. Geminin ana yükünü şarap, reçine, sığır eti taşıyan 200’den fazla amphora oluşturmaktadır. Batıkta geminin gözleri (ophtalmoi) olduğu anlaşılan 2 adet mermer diskin bulunması ilginçtir. Antik Çağda denizciler gemilerini tehlikeli sularda yollarını görmelerine yardımcı olmaları için bu gözlerle süslerlerdi. 

ÖDEMİŞ -GÖLCÜK GÖLÜ KÜTÜK KAYIĞI

Ödemiş-Gölcük’te 2001 yılı Eylülünde kuraklık nedeniyle göl suyunun normalin iki metre altına inmesiyle, iyi korunmuş bir kayık ortaya çıkmıştır. Kayık bir kestane ağacının gövdesinin içinin oyulması ile yapılmıştır. 4.36 m. uzunluğunda, 0.70 m. genişliğinde, 0.54 m. yüksekliğindedir. M.S. XIII. Yüzyıla tarihlendirilmiştir. Gölde, balıkçılık ya da nakliye işlerinde kullanıldığı düşünülmektedir.

KARYALI PRENSES SALONU

1989 yılında, Müzemiz uzmanlarınca yapılan bir temel kontrolü sırasında lahit mezar bulunmuştur. Lahit içindeki iskeletin kafatası, İngiltere Manchester Üniversitesi, Tıpta Sanat Bölümü'ne götürülmüştür. Burada görevli Dr. Richard Neve ve ekibi ile üniversitenin arkeoloji müzesi sorumlusu Dr. John Prag tarafından etlendirilmesi gerçekleştirilmiştir. Bu soylu kadın önceleri müzemizce, "Karyalı Prenses" diye adlandırılmıştır. 

Karyalı Prenses’in buluntuları Labranda'daki Şölen evi (ANDRON B) benzeri inşaa edilen salonda sergilenmektedir. 2400 yıl önceki, şölen ortamı ve mobilyalar gösterilmektedir. Sütunların taşıdığı lento üzerinde, Kraliçe Ada'nın yaşamı, çizgi roman tekniği ile betimlenmiştir. Odanın sağında kraliçenin yekpare taştan oyulmuş lahit bulunmaktadır. Lahit içinde kraliçeye ait iskelet ve yanında her nasılsa lahit’e girip de çıkamayan fare kemikleri de sergilenmektedir. Lahitten sonra görülen küçük niş içinde mezar odası ile lahit arasında bulunan siyah sırlı, yonca ağızlı bir kap (oinokhoe) sergilenmektedir. Ölen kişinin olasılıkla en sevdiği kaptır. 

Karyalı Prenses’in etlendirildikten sonraki görünümü, dar kenardaki niş içinde tüm görkemi ile karşımıza çıkmaktadır. Ham ipekten dikilen peplosu (tek parçadan oluşan elbise) üzerine altın süslemeler, kuşak üzerinde mavi boncuklar bulunmaktadır. Kraliçe Ada'nın kemikleri üzerinde Prof. Berna Alpagut inceleme yapmıştır. Buna göre kadın 40 yaşlarında ölmüştür. Birden fazla doğum yaptığı anlaşılmıştır. 32 dişi mevcut halde bulunmuştur. Diş kesitini inceleyen Prof. Whittaken'e göre diş yaşının 44 (+-6) olduğu saptanmıştır. Karyalı Prenses’e yaklaşıldığında, tüm salon aydınlanmakta ve nişler sergi vitrinine dönüşmektedir. Kraliçenin üç yüzük, iki bilezik, altın taç ve iki kolyeden oluşan takıları, görülmektedir. Aynı zamanda antik çağ Anadolu müziği duyulmaktadır. Karyalı Prenses Salonu, ziyaretçileri buluntularla M.Ö. IV. yüzyıla götürmektedir.

İNGİLİZ KULESİ

İngiliz kulesi, kalenin güne-doğu köşesindedir. Kulenin temelleri ana kaya üzerine oturmaktadır. Üç katlı olan kulenin batıda sur dışında, kuzeyde iç kalede olmak üzere iki girişi vardır. Batı duvarı üzerinde Arkaik Devre tarihlendirilen bir aslan vardır. Bu aslan nedeniyle kuleye halk arasında aslanlı kule denmektedir. Aslanın üzerinde İngiliz Kralı IV. Henry'nin (1399–1413) kraliyet arması bulunmaktadır. Kuleye iner kalkar bir köprüden girilmektedir. Ziyaretçi, kapıdan adımını attığı andan itibaren kendini başka bir çağda bulur. İngiliz kulesinin üst katı, 500 yıllık bir geçmişi yansıtacak şekilde düzenlenmiştir. Zaman, zaman leydi ve şövalye giysili görevliler ziyaretçileri karşılamakta, konuklara ikramlarda bulunmaktadır. Salon mumlarla aydınlatılmakta, tütsü yakılmakta ve çağın müziği çalınmaktadır. Böylece beş duyu organına hitap eden bir sergileme burada gerçekleştirilmiş olmaktadır. 

Sağ üstte üstad-ı azamların armaları görülür. Solda ise Selçukluların Osmanlılara verdikleri sancaktan başlayarak, Osmanlı Türklerince XVI. yüzyılda donanmada kullanılan üç hilalli yeşil sancak ve Türk bayrağının son şeklini almasına kadar süren 300 yıllık dönemdeki bayraklar yer almaktadır. 

Her iki karşılıklı köşeye birer korsan bayrağı asılmıştır. Siyah zemin üzerine kuru kafa resmi işlenmiş olan Hıristiyan Korsan Bayrağı, kırmızı zemin üzerine pala sallayan kol ve kuru kafa resmedilmiş olan da Türk Korsan Bayrağı'dır. 

Türk Bayrağının tam karşısındaki duvarda asılı sancak, II. Orduyu Hümayun’a mensup nizamiye 66. alayının, III. taburunun Hicri 1318 tertipli 45 neferin Ankara Hacı Bayram Veli Camii Şerifi'ne yadigârlarıdır. Sancak üzerinde dualar ve ortada Osmanlı Türklerinin amblemi vardır. 

Kapının karşısındaki duvarda 1498-1499'da kale komutanlığı yapmış İngiliz şövalyesi Thomas Docwra’nın sancağı bulunmaktadır. Kırmızı zemin üzerine beyaz haçlı bayraklar ise Saint Jean tarikatına aittir. 

Bu kule 1915 Fransız bombardımanında büyük hasar görmüştür. Restorasyondan sonra sergi salonu olarak düzenlenmiştir.

GEÇ TUNÇ ÇAĞI BATIKLARI

Salon üç bölümden oluşmaktadır. Birinci bölümünde, M.Ö. XII. yüzyıl Gelidonya Burnu Batığı ile, M.Ö. XVI. yüzyıl Şeytan Deresi Batığı eserleri sergilenmektedir. 

Bu bölümün sol tarafında, dünyanın ilk bilimsel sualtı kazısından çıkarılan eserler bulunmaktadır. Bu batık, bilim adamlarına sünger teknesi sahibi Kaptan Kemal Aras tarafından gösterilmiştir. Batığın kazısı 1960 yılında George F. Bass tarafından yapılmıştır. Bu, bir tüccara ait Suriye ticaret gemisidir. Batıktan çıkarılan buluntular, o dönemin ticaretini bize anlatmaktadır. Gemi, Kıbrıs'tan yüklediği bakır külçelerle birlikte Antalya-Finike-Gelidonya Burnu, Beş adalar mevkiinde batmıştır. 

Birinci salonun sağ tarafında görülen büyük küpler (pithos) ve amphoralar süngerci Cumhur İlik tarafından Sualtı Arkeoloji Enstitüsüne (INA) gösterilmiştir. 1975 yılında Prof. Dr. George F. Bass tarafından batığın kazısı yapılmıştır.

İkinci bölümde M.Ö. XIV. yüzyıl Uluburun Batığı gemisinin kesiti 1/1 ölçeğinde yapılarak gösterilmiştir. Kesitin altında, batığın sualtındaki dağılımı, bulunduğu şekliyle sergilenmiştir. Üçüncü bölümde Kaş Uluburun Batığı kazısından çıkarılan çeşitli eserler görülmektedir. 

İkinci salonda Kaş-Uluburun Batığı, limanda ve sualtında gösterilmiştir. Dünya müzeciliğinde ilk defa böyle bir sergileme gerçekleştirilmiştir. Bu gemi, 1982 yılında Bodrumlu süngerci Mehmet Çakır tarafından gösterilmiştir. Bu tekneye ilk bilimsel dalış 1982 yılı Ekim ayında Müzemiz Müdürlüğünden bir ekiple yapılmıştır. Batığın kazısı, Sualtı Arkeoloji Enstitüsünce (I.N.A) önce Prof. Dr. George F. Bass, sonra Dr. Cemal Pulak başkanlığında 1984–1994 yılları arasında yapılmıştır. 

Geminin yükü 44–61 m. derinliğe yayılmıştır. Yaklaşık 15 m. uzunluğunda, sedir ağacından yapılmıştır. Uluburun gemisinin taşıdığı zengin yükün büyük bölümünü hammaddeler oluşturmaktadır. Yaklaşık 10 ton ağırlığında saf bakır külçeler halinde taşınmıştır. 1 ton kadar da saf kalay külçeler ele geçmiştir. Tunç alaşım kalay ve bakırın 1/10 oranında karıştırılmasıyla elde edilir. 150’den fazla bilinen en eski cam külçeler Uluburun gemisinde bulunmuştur. Abanoz ağacı kütükleri, su aygırı dişleri, deve kuşu yumurtaları hammadde olarak taşınan diğer malzemelerdir. Üç değişik boydaki amphoralar içinde menengeç reçinesi, cam boncuklar, zeytin taşınmıştır. Hammaddelerin yanında batıkta işlenmiş ürünler de bulunmuştur. Yağ kandilleri, kâseler, kalay kaplar, mataralar, fayans içki kapları batıktan bulunan diğer malzemelerdir. Batıkta, Kenan Ülkesine ait zengin bir mücevher grubu ortaya çıkarılmıştır. Kişisel mühür ya da nazarlık olarak kullanılan Mısır skarebeleri arasında Mısır firavunu Akhenaten’in karısı Nefertiti’nin (M.Ö. 1376–1358 veya M.Ö. 1339–1327) altın mührü bulunmaktadır. Geminin Nefertiti’nin hüküm sürdüğü dönemden sonra battığı düşünülmektedir. Skarabe batıkta hurda mücevherat yığını arasında bulunmuştur. Gemide, Babil, Suriye, Filistin kökenli silindir mühürler bulunmuştur. 

Fildişi kozmetik kutuları, boncuklar, deniz kabuğu yüzükler, Kulpsuz altın bir kupa, başı, boynu elleri ayakları altın varakla kaplı tunç tanrıça heykelciği (geminin koruyucu tanrıçası?), Kenan ve Myken kökenli kılıçlar, yakın doğu kökenli silahlar, bronz aletler, Suriye-Filistin kökenli zoomorfik terazi ağırlıkları ve geometrik ağırlıklar, fildişi menteşe ile tutturulmuş, ahşap yazı levhası, balık ağı kurşunları geminin yükünün zenginliğini göstermektedir. Uluburun Gemisi son yüzyılın en önemli buluntu topluluklarındandır. Batıkta bulunan sedir ağacından dendrokronolojik yöntemle M.Ö. 1305 yılına tarihlendirilmiştir. 

KOMUTAN KULESİ

I.Dünya Savaşı’nda Türkiye; Avusturya ve Bulgaristan’la birlikte müttefik olan İngiltere, Fransa, Rusya, Yunanistan ve sonra İtalya’ya karşı savaşa girmişlerdir. Müttefikler, Bodrumluların Alman deniz Bodrum Limanında ve teknelerde araştırma yapmaya karar verirler. 25 Mayıs 1915 günü Fransız Kruvazörü Bodrum açıklarına demir atar. Jandarma Komutanı Yüzbaşı Rıfat Bey, İbrahim Nezihi Bey’e Fransız Dubleks zırhlısının arama amaçlı çıkartma girişimine karşı Bodrum’u koruma görevi verir. Fransızlar limana üç kez asker çıkarmaya çalışırlar. Üçünde de başarısızlığa uğrarlar. Geride birçok ölü ve tutsak bırakan Fransızlar, kaleyi ve Türk mahallesini topa tutarak Bodrum’dan ayrılırlar.

Kalenin güney-batı ucundaki kule restore edilerek, İbrahim Nezihi Bey’in şehit düşmesinin 77. yıldönümünde 1999 yılında onunla birlikte Bodrum’u savunan Yüzbaşı Rıfat Önal ve Kaymakam Faik Üstün’ün anısına hazırlanmıştır.

.

Komutan Kulesi’nin üst katı, Komutanın odası, alt katı yatakhanesi olarak düzenlenmiştir. 

Bodrum sualtı Arkeoloji Müzesindeki tüm sergilemeler çağdaş müzecilik anlayışı içinde yapılmıştır.